移送中のエマの義体内の電脳にダイブした草薙は、そこに二つのゴーストがあることに気づく。そして、移送先であり、かつての所属組織である501機関で、草薙はエマとその義体に潜む電脳についての情報を得るが、突如501機関へのファイア・スターターの感染が発生するのだった。ニューロチップ内で不活性状態となっていたウィルスを使い逃走した “ブリキの少女”エマと“カカシの男”ブリンダジュニア。彼らを追う草薙は、その二つのゴーストが求めるものに迫る――。