戦後復興の兆しある2028年冬のニューポートシティ――。水の価格協定への抗議デモを見守る草薙素子少佐率いる独立攻性部隊の姿があった。その目の前で機動隊による無差別発砲事件が発生。それら前代未聞の同時ゴーストハックは電脳ウィルス「ファイア・スターター」が引き金となったものだった。草薙は感染源を特定、銃撃するが、その最中に“枝”をつけた何者かがいた。草薙たちが確保したその重要参考人は、全身義体の少女ツダ・エマであった――。