1989年に士郎正宗が漫画作品を発表して以来、映画・TVシリーズ・OVAとして映像化されてきた『攻殻機動隊』が新作アニメーションシリーズとして始動する。情報ネットワークとサイボーグ技術の発達によって人々の意思が“電脳”で繋がれた未来社会を舞台に、新たな物語が始まる。
本作『攻殻機動隊ARISE』は、各話およそ50分・全4部作のシリーズで構成される。作品で描かれるのは、凶悪犯罪を阻止する事を目的とした攻性の特殊部隊“攻殻機動隊”の創設、そしてこれまでのシリーズ作品において謎に包まれていた全身サイボーグのヒロイン・草薙素子（くさなぎ もとこ）の物語である。草薙と公安9課の荒巻、後に攻殻機動隊のメンバーとなるバトーやトグサらとの出会いとともに、電脳ウィルス“ファイア・スターター”を巡る壮絶なアクションと電脳戦が展開される。

『公安9課』が最優先ラインの攻性部隊とはなり得ていない、A.D.2027。
公安捜査の権謀術数に限界を覚える荒巻の前に現れたひとりの女─
陸軍『501機関』所属・草薙素子三佐。
最高度のフィジカルと電脳戦スキルを備える一方、向こうみずで世慣れぬ未熟さをあわせ持つ草薙は、荒巻と不即不離の関係をたもちつつ、次々と発生する犯罪へと対処する。
だがそれは、ゆりかごたる501機関との関係を問い直すことでもあった。
上司であり保護者でもある野心の女・クルツ中佐との間に生じる軋轢。
さらに、謎のウィルス『ファイア・スターター』の出現。
困難な事件に立ち向かう中、
『眠らない目を持つ元レンジャー』『所帯持ちの特捜刑事』ら、個性的な人的資源と気脈を通じる草薙。
荒巻といつしか共有していた目的─『犯罪に対し常に攻性の精鋭実力部隊』創設へ向け、草薙は彼らを糾合してゆくこととなる。

『攻殻機動隊ARISE』
─これは草薙が少佐と呼ばれる前夜の物語である