2028年10月。恋人の義体技師ホセと逢瀬を交わす草薙素子の元に仲間となったバトーから爆弾テロの急報が届く。その現場を制圧すると主犯のカルディス人の胸にはテロリスト「スクラサス」のシンボルが刻まれていた。それと同じ頃、山の手のダム発生した爆発でひとりの刑事が死亡した。その所持品には“人魚の脚(MERMAID'S LEGS)”の名刺と「エアリアル」とタグのある義体の脚部が遺されていた。それを手懸りに新浜県警のトグサが捜査を開始する。