生まれたときから生身の肉体を持ったことがない、完全義体のサイボーグ。その操作技術は他のサイボーグを凌駕する。超ウィザード級とされるハッカー技術は、14歳にして軍部のデータを書き換えたとさえ言われている。荒巻からの公安9課への異動の誘いを断って自身の部隊を設立し、正式認可を得るために雇われ部隊として実績を残そうとしている。
通称“部長”と呼ばれる公安9課の長。旧調査部出身。その行動力と用意周到さから軍や政界から一目置かれており、テロなどの国家安全を脅かす凶悪犯罪を未然に防ぐために内閣総理大臣直轄の攻性の捜査機関設立を目論んでいる。
“眠らない眼”と呼ばれる義眼を持つ陸軍空挺特科第一出身の元特殊部隊員の大男。最終階級は少佐。全身のほとんどを義体化しており、多くの戦場を渡り歩いてきた数々の戦闘経験を持ち、特に電子戦を得意としている。戦場で草薙素子とも何度か顔を合わせているらしい。強面に似合わず情にもろく、なにかに付けて一言多く、剽軽な一面も持ち合わせている。
元新浜県警刑事部の特捜刑事。従軍経験あり。電脳化はしているが体はほとんど生身のままであり、妻帯者である。刑事として状況の積み重ねによる推理考察を得意とし、弾詰まりなどの事故が少ないリボルバー「マテバ」を愛用している。
元陸軍情報部の大尉。経験豊富なベテラン。主にハッキングやネットの情報解析などの任務や支援を行い、防壁からウィルス、ワクチンの作成に対応する、縁の下の力持ち的な存在となっている。
元海兵隊のエース・スナイパー。最終階級は大尉。狙撃に特化した義体を持ち、左目の狙撃支援システム「タカの眼」で衛星とリンク、気象条件などを瞬時にフィードバックし、長距離弾道狙撃を可能としている。陸軍情報部や空挺特科との作戦経験もある。ギャンブル好きでもある。
元陸軍警察の潜入調査員。階級は中尉。ナイフなどの近接格闘術を得意とし、内偵調査などで培った経験から、人を欺くことに長けている。旧態依然とした組織に身を置きながら自らの能力を生かす場を求めていた。
陸軍空挺特科第一出身の元特殊部隊員。スキンヘッドの義眼男。最終階級は中尉。爆発物を扱った特殊工作などを行なっていた。電子戦の技術や、ネットの捜査能力も高い。外見とは裏腹に繊細な性格の持ち主である。
2022年に製造され、コンテナ内部に武器や弾薬などを収容する熱光学迷彩装備の歩兵兵站用輸送支援車両である。ロジスティクス・コンベイヤー・マシンの略称でもある。型番はLCM22。指揮官を識別し自律支援する程度の発展型の人工知能は持ち合わせている。公安9課に試験配属されており、搭乗スペースは未搭載。
電脳ネット・ゲームのヒットメーカーで“ティンマン”の名義で活躍していた戦災孤児の17歳。501機関の長クルツがその腕を見込み、草薙素子の後任としてスカウトした。少女型の全身義体を使用している。なんらかの理由で501機関から突如失踪。水売買の価格協定に対するデモで発生した銃撃事件の最中に、その身柄を素子たちに保護される。
32歳の男性。幼少期より特異な才能が認められ高度福祉センターに入寮。会計士として生活していたところを陸軍情報部にスカウトされる。それ以降の記録は存在していない。
陸軍501機関の長。義体化部隊を率いて国内外問わず、草薙素子とともに任務をこなしてきたが、上官の死により後任として指揮をとることになった。戦後の組織再編が進む中、解体の汀にある組織存続に尽力している。次期主力兵器検討委員会から様々な『兵器』の性能試験や開発・研究などを任されている。戦後の組織再編が進む中、解体の汀にある組織存続に尽力している。
陸軍情報部大佐。殿田大佐の後任で全身義体の軍人。傲岸な性格で格下の現場が好き勝手に活動するのを快く思わない。次世代兵器開発において国外カルテルとの兵器の売買ルートが維持されることを望む国外派のひとり。
フルネームはジンジ・ベッカ・アル・サイード。カルディス人の独立運動による内戦が続いているクザン共和国の国営水企業の代表者。産業省の誘致を受け日本国内にダムを所有している。カルディス人でありながらクザンの国立大学出身で政府に協力する姿勢を見せており、内戦の平和的の解決を望むことを主張している。
陸軍501機関所属の戦闘サイボーグ。霧や水砲にスタンガンを組み合わせるという、対電子機器攻撃を得意としている。501機関の戦術教官のひとり。
陸軍501機関所属の戦闘サイボーグ。薩摩示現無双流棒術の達人で、501機関の格闘技研究機関のひとり。寡黙で、不言実行を地で行く人物。肩甲骨部分に隠し火器を搭載している。
陸軍501機関所属の電子戦の戦術士官であるサイボーグ。ラボで吊り下げられる形で作業に従事している。一卵性双生児の二人の脳をひとつの義体に載せた電脳を持ち、常に対話と思考をしているらしい。草薙がこれまで使ってきた義体のチューニングやメンテナンスを担当している。
元501機関の長である全身義体の軍人。草薙素子を育て上げた恩人とも言える人物でもある。高潔で不正とは程遠い、軍人らしい軍人だが、兵器密売に関わる収賄容疑が持ち上がる中で何者かに殺されてしまった。生前の階級は中佐。
体に刻まれた傷が歴戦の英雄であることを物語るような軍人。だがクザン共和国とサマリア国境近辺にあるカルディスタンでの混成78部隊を指揮した軍事作戦で千人規模でカルディス人難民を虐殺した容疑で軍事法廷にかけられ判決のときを待つ戦争犯罪者でもある。この作戦にはソガの部下としてバトーが従軍しており、部下からの信頼厚い上官だったと言われている。ソガの望みは、この虐殺事件における真実を明らかにすることにある。
米軍情報部特殊作戦部隊所属のエージェントであり、ヴィヴィーはコードネーム。電子的作戦の専門家。女性型の義体に入っているが、本当の性別などの詳細情報は不明。奪われた特殊な軍事モジュールの奪還もしくは破壊を目論んでいる。作戦行動中、ロジコマにこのモジュールの並列解除コードの複製を隠したために、ロジコマが敵の破壊対象となってしまったため、それを守るために草薙素子と公安9課に協力を申し出る。
草薙素子の現在進行形の恋人とされる、マーメイドレッグというプライベートブランドを展開するオーダーカスタム専門の義体技師。量産型をベースに客のオーダーに沿って斬新な加工を施すのが特徴。現在、フリーコンサルとなった素子の義体のメンテナンスも手がけている。義体と生身の人間が別け隔てのない生活ができる世の中を待望している。戦場で義体化し、サイボーグに必要なものは生活ではなく設備であると考え、今に至る。
ファイア・スターターに感染したウィルスの信奉者である電脳ウィルス・ブローカー。ファイア・スターターの可能性を信じその流布に尽力しており、陸軍情報部ホヅミ大佐とも接触があった。米国情報部の情報によると、南米系のガルベスという人物であることが判明しているが、その詳細は不明。『炎の天使』の一節を口ずさむことがある。
陸軍特科501機関は戦闘義体の開発と育成を主たる目的として設立された特殊機関である。陸軍開発実験団内に組織された特殊義体研究課501分室が国防省先進技術センター等の兵器研究組織を部分的に併合し、そう呼ばれるに至っている。前大戦時はマムロ中佐の指揮下で幾度も実戦に投入されたほか、管轄下の研究施設で次世代兵器の開発も行っている。