これまで数々の事件に立ち向かってきた草薙素子。各作品における素子の存在と事件の概要を説明する。作品ごとに素子も少しずつ変化しているが、ゴーストに従い犯罪を追う姿は変わらない。
素子の状況…元陸軍501機関所属の完全義体のサイボーグ。階級は三佐。恩人であるマムロ中佐が生前書き残した推薦状により５０１機関より独立。自分のチームで軍を対象としたフリーのコンサルトとしての活動を経て公安９課に。若さ故に時に失敗をすることも。
事件…［border:1］素子を軍人として育てた人物が、収賄容疑を疑われる中、死体で発見される。果たして犯人は……。／［border:2］戦争犯罪者ソガとその部下たちを利用して、軍事機密データベース・パンドラへのアクセスが企てられる。／［border:3］“独立軍の英雄”スクラサスのものと思われる、水企業を標的としたテロが頻発。あらゆる疑惑が素子の恋人・ホセへと収斂する。／［border:4］ハリマダラ重工とクザン共和国の国営水企業に反対するデモ隊に機動隊が無差別銃撃を加えた。その背後には電脳ウィルス ファイア・スターターが……。
素子の状況…公安９課の実質的リーダーとして活動しているが、その関心は“ゴースト”そのものに向かいつつある。休暇のたびに、全身義体にとっては危険なダイビングを行うのも自分という存在と向か合うためのようだ。その後、ネットの海で生まれた生命“人形使い”と出会い融合する。
事件…［人形使い事件］他人の電脳をゴーストハックして人形のように操る国際手配中のハッカー「人形使い」が入国し、公安９課が追う。その捜査の過程で素子の目の前に義体に入り込んだ「人形使い」が現れる。※『GHOST IN THE SHELL／攻殻機動隊』で草薙素子が去った後のバトーを描いた作品が『イノセンス』である。
素子の状況…数々の事件に迅速に対処する公安９課の実質的リーダー。テロを含む犯罪を阻止するためには違法すれすれの捜査も厭わず、公安９課が攻性の組織であることを身を以て体現している。
事件…［笑い男事件］「笑い男」を名乗る謎のハッカーが行った企業に対するサイバーテロ。その「笑い男」が再び活動を始めた。その狙いは……。／［個別の11人事件］「個別の11人」によるテロを演出した合田一人。やがて、合田の計算を超えて生き延びたクゼ・ヒデオが招慰難民のリーダーとなる。／［傀儡廻し事件］自害したテロリストたちが残した謎の言葉「傀儡廻し」。その意味を追うバトーたちの前に、失踪した素子の姿が浮かび上がる。
